En el transcurso del proceso se vivieron varias irregularidades y se violentó la autonomía universitaria. Para el candidato a la presidencia de la FEUE el momento de la instalación del proceso electoral se evidenció el desorden y anarquía, se violentó el reglamento al instalar las elecciones al instalar dos horas después de lo establecido, además de ello al iniciar los comicios las mesas electorales no contaron con el material necesario y los kit no tenían la seguridad pertinente.
Muchos de los estudiantes no pudieron ejercer su derecho al sufragio, apenas 90 juntas fueron instaladas para receptar los votos de más de 44.000 estudiantes y alrededor de 4.000 estudiantes de las facultades de Filosofía y Administración no formaban parte del padrón electoral y fueron eliminados.
Las juntas electorales fueron atiborradas una junto a otra provocando el desorden y la anarquía. Fue evidente la molestia general de los estudiantes que mostraban su inconformidad por la falta de organización en este evento, el que supuestamente era la máxima expresión de la democracia estudiantil.
Con la clara intención de manipular los resultados el material electoral estaba esparcido en las mesas y las urnas se encontraban abiertas facilitando la manipulación.
Al cierre de las votaciones varios militantes de Nueva Universidad fueron encontrados portando papeletas marcadas a favor de sus candidaturas (lista 2), “lo que evidencia las irregularidades del proceso”, sostuvo Hermosa. La tensión se intensificó cuando, por orden del rector de la universidad y violentando la autonomía universitaria, más de 100 policías ingresaron a los predios universitarios y pasaron a ser parte de las juntas electorales, mientras se impedía la presencia de delegados observadores de la lista 1.
Para Hermosa “el desorden, la incapacidad, la corrupción y la prepotencia es la nueva universidad que plantea imponer Samaniego, algo que todos los estudiantes rechazamos”.